而按照91号文所计算出的应纳税所得，对自然人合伙人而言，无论是普通合伙人，还是有限合伙人，均应比照《个人所得税法》规定的“个体工商户的经营所得”，适用5%-35%的超额累进税率。
    我国没有单独开征“资本利得税”，对从事股权投资等获得的资本利得，必须按照个人所得税法中的普通所得，进行综合纳税。按照《个人所得税法》，我国对个人的各类所得，主要适用两类基本税率：（1）对“工薪所得”，因其是一种经常性所得，且与个人贫富的关联性较大，需要考虑税收对收入的再调节作用，故采取综合纳税模式，在扣除基本生活费用4.2万元/年后，适用3%—45%累进税率。（2）对稿酬、劳务、股息、红利，财产转让所得，偶然所得和其他所得，由于都具有偶然性，很难扣除个人从事该类活动的各种成本、亏损，更难考虑个人和家庭的生活费用，因而只好有一笔收入就要缴一次税，税基相对较高，税率也就自然较低。由于这些偶然所得和类似偶然所得与个人贫富没有必然关系，如采取分类纳税，较难考虑税收对收入的再调节作用，因此适用单一比例税率，税率为20%。
    在上述两种基本税率之外，对个体工商户这种特别的“个人”，由于其本身已经是相对独立的工商主体，可以“以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额”进行综合纳税，因此，从税法原理来讲，是可以参照国外的综合纳税模式而直接适用工薪所得的超额累进税率的。但是，从鼓励下岗工人再就业的角度，我国针对“个体工商户的经营所得”，新设了一种税率相对较低的优惠性超额累进税率，具体税率为5—35%。
    针对后来出现的合伙企业，国家财税部门在制定2000年91号文时，也采取比照“个体工商户的经营所得”的做法，适用5—35%的超额累进税率。应该说，这更是一种政策优惠。因为，合伙企业作为企业，与个体工商户相比，享受了更多的法律保护和行政管理服务，理由承担比“个体工商户”这种“准个人”更多的纳税义务。
    特别是到2006年《合伙企业法》修订案发布以后，合伙企业已经可以按照“有限合伙”形式设立。如果按照我国属于大陆法系国家的情形来考虑，对“有限合伙”这种借鉴了更多公司型企业治理机制的新型合伙形式，本可像法国等欧洲大陆法系国家一样，将之作为纳税主体直接缴纳所得税。但是，我国国家财税部门在制定159号文时，仍然只要求比照&ldq