非试点自开票纳税人联运业务差额征收营业税。
    《营业税暂行条例》第五条第一款规定，纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人的运输费用后的余额为营业额。非试点自开票纳税人从事联运业务，不论其他联运合作方是试点增值税纳税人还是营业税纳税人、是试点一般纳税人还是小规模纳税人、是非试点自开票纳税人还是代开票纳税人，其支付给联运合作方的运输费用都可以扣除。
    根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条（四）规定，接受货物运输劳务的增值税纳税人购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额可以抵扣。
    假设A企业是非试点自开票纳税人，此联运业务应缴纳交通运输业营业税：
    A企业应缴纳营业税（1110－555）×3%=16.65（万元）。
    甲公司可抵扣的进项税1110×7%=77.70（万元）。
    非试点代开票纳税人联运业务全额征收营业税
    《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第七条规定，代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。也就是非试点代开票纳税人联运业务全额征收营业税，不论其他联运合作方是什么类型的纳税人，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
    假设A企业是非试点代开票纳税人，此联运业务应缴纳交通运输业营业税：
    A企业应缴纳营业税1110×3%=33.30（万元）。
    甲公司可抵扣的进项税1110×7%= 77.70（万元）。
    试点一般纳税人接受试点一般纳税人联运业务取得的增值税专用发票上注明的增值税额可抵扣。《试点实施办法》第二十二条（一）规定，从销售方或者提供方取得的增值税专用发票上注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。
    假设A企业、B企业都是试点一般纳税人，都开具了增值税专用发票，此联运业务应缴纳增值税：
    A企业增值税销项税额：1110÷（1＋11%）×11%=110（万元）。
    A企业可抵扣进项税额：555÷（1＋11%）×11%=55（万元）。
    A企业应纳增值税：110－55=55（万元）。
    甲公司可抵扣的进项税也就是A企业增值税销项税额110万元。
    试点一般纳税人接受试点小规模纳税人联运业务按取得的增值税专用发票价税合计金额7%的扣除率计算进项税额。