由于城镇居民养老保险制度较新且运行时间较短，因此这项制度在待遇水平、险种衔接以及资金运作方面仍存在一些问题。比如，在城市化进程中，农民和职工、居民的身份及工作、生活的地域处于频繁变化中，且不同身份之间的区别趋于模糊化，如果险种之间不能实现无缝对接，将难以适应活动人群在各种制度间的自由流动。

目前，城镇居民社会养老保险制度设计初衷虽明确提出要与新农保及城镇职工基本养老保险制度相衔接，并鼓励有条件的地方将前两项制度合并实施，但具体实施方案及细节方面的规定仍未明确与统一。

对此，首都经贸大学教授朱俊生认为，为促进制度间公平与转移接续的无障碍，要贯彻统筹发展的理念，加强制度之间的衔接与协调。一方面要加快制定相关法律规定，先实现城镇居民社会养老保险与其较相似的新农保的衔接，再实现其与城镇职工基本养老保险制度的整合与统一。同时，应完善城镇居民社会养老保险制度的信息化平台建设，为推动制度间整合提供技术支持。

朱俊生表示，近年来地方政府财政支出中，转移支付比例高达45%甚至更多，在中西部地区尤其如此，这样地方政府往往难以支付必要的保费配套补贴，从而影响该制度的扩展与推进。他认为，需重构中央政府与地方政府之间的财政关系，中央财政按照各地经济和社会发展水平的不同，对养老保险的保费补贴予以分担，以加大对中西部地区的财政支持。