上海慧谷高科技创业中心成立于1999年5月，是由上海市科学技术委员会、徐汇区人民政府和上海交通大学联合组建的社会公益性科技服务机构。上海高科技企业慧谷孵化基地是由上海交大科技园有限公司全额投资。目前慧谷创业中心拥有三个孵化基地（均位于徐家汇科技密集区），面积43000平方米，在孵企业已超过200家，其中70%以上是IT企业。

2001年慧谷创业中心被评为“上海市绿色都市型工业园区”
2002年慧谷创业中心被评为首批“上海市级软件产业基地（软件园）”
2002年4月慧谷创业中心被国家科技部授予“国家高新技术创业服务中心” 
2003年5月慧谷创业中心又成为“上海国际企业孵化器基地”