企业登记机关启动实质审查可能会对申请人产生一定影响，其中包括给予行政许可的时限可能延长甚至不予行政许可。同时，企业登记机关如果审查不当，也会引发诉讼甚至败诉，进而导致国家赔偿。因此，必须设定较为严格的程序，以确保企业登记机关依法行政。

　　实质审查启动应从窗口受理环节开始

　　需要启动实质审查的相关情况，往往最早在企业登记机关的办理窗口被发现，因此实质审查的启动从窗口受理环节开始也就顺理成章，显得比较合理。但是，实质审查一旦启动，就意味着企业登记机关将承担一定的法律责任。换句话说，谁决定启动实质审查，谁就必将承担相应的法律责任。

　　综合考虑上述情况，笔者认为，对于实质审查的启动程序可以设定如下：在工商机关内部，登记注册机构的窗口受理人员认为需要启动实质审查的，应当向机构负责人报告。机构负责人接到报告后，应当决定是否启动实质审查；当情况复杂、难以决定时，应向本机关负责人汇报，与本机关法制机构工作人员等进行集体讨论，然后决定是否启动实质审查。

　　实施实质审查应注意履行告知程序

　　企业登记机关实施实质审查，显然会对申请人产生比较大的影响，因此应当保证申请人对实质审查的知情权，这也是《行政许可法》的要求。因此，企业登记机关决定启动实质审查后，应当注意履行告知申请人的程序。同时，告知应当包括如下内容：在实质审查中需要重点核实的内容，实质审查的方式，实质审查的时限，负责及参加实质审查的企业登记机关工作人员姓名，申请人的义务、权利等。

　　实质审查的具体实施过程

　　企业登记机关在决定启动实质审查后，应当指派本机关两名以上的工作人员，在规定时限内实施实质审查。实质审查结束后，审查人员应当向本机关负责人如实报告审查情况，提出行政许可建议并报本机关负责人。企业登记机关负责人根据具体情况，召集有关人员进行合议，然后作出准予行政许可或者不予行政许可的决定。

　　在实质审查实施过程中，受各种客观因素或者申请人主观因素的影响，可能引起实质审查的终止。笔者认为，有下列情形之一的，实质审查应当终止：申请人撤回行政许可申请的；申请人或第三人提供确切证据，能够证明实质审查确定的审查内容真实、合法的；已启动司法审查的；其他可以终止实质审查的情形。

　　申请人的法律责任

　　在实质审查过程中，企业登记机关如果发现申请人隐瞒有关情况或者提供虚假材料申请行政许可的，可以依照《行政许可法》第七十八条的规定，不予受理或者不予行政许可，并给予警告；行政许可申请属于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全事项的，要求申请人在一年内不得再次申请该行政许可。