上海注册的外资公司在上海设立注册分公司的特别规定：

1、本市外资生产企业设立从事经营的分厂以及商业、餐饮、美容美发、娱乐等行业的外资企业在上海设立经营性分支机构的，应首先向审批部门提出申请。经批准后，到工商行政管理局办理登记手续，领取分支机构营业执照。

2、国家对特种行业设立分支机构有规定的,按照国家有关规定办理。

3、除以上情况外,本市外资企业设立分支机构,直接向工商行政管理局申请登记。

上海注册的外资公司在上海设立注册分公司申请材料：

1、外商投资企业设立分支机构的申请书。

2、企业董事会关于本企业在本市设立分支机构的决议。

3、租赁合同原件及产权证复印件。

4、企业批准证书和营业执照。

5、其他相关证件。