开具专用发票的，可根据《国家税务总局关于印发<税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）>的通知》（国税发[2004]153号）的第五条和第六条的规定开具专用发票。其中，该文件第五条规定，本办法所称增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。第六条规定，增值税纳税人发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。

    从2009年1月1日以后，小规模纳税人无论工业还是商业，税率均调整为3%，B公司申请税务机关代开发票依然按小规模3%的税率征收增值税，但代开给增值税一般纳税人的发票可以按3%进行抵扣。因为只有具有一般纳税人资格的纳税人开具的发票才按17%的税率征税，取得方一般纳税人企业方可按17%抵扣进项税，因此，一般纳税人与小规模纳税人的税负是不同的，A公司要根据自己的实际经营情况以及B公司的定价是否合算来决定是否在B公司购买此设备，但不能以虚开发票三方受处罚作为代价取得专用发票。