辅导期纳税人领购的专用发票未使用完而再次领购的，主管税务机关发售专用发票的份数不得超过核定的每次领购专用发票份数与未使用完的专用发票份数的差额。
    增购发票预缴税款征收率降低国税函[2005]1097号文件规定，企业按次领购数量不能满足当月经营需要的，可以再次领购，但每次增购前必须依据上一次已领购并开具的专用发票销售额的4%向主管税务机关预缴增值税。由于新增值税条例将小规模纳税人征收率统一降至3%，所以国税发[2010]40号文件规定，辅导期纳税人1个月内多次领购专用发票的，应从当月第二次领购专用发票起，按照上一次已领购并开具的专用发票销售额的3%预缴增值税。虽然新旧政策均明确“未预缴增值税的，主管税务机关不得向其发售专用发票。”但在政策表述方面，国税发[2010]40号文件比国税函[2005]1097号文件更加简洁明了，而且，国税发[2010]40号文件对预缴增值税销售额的确认依据重新进行了明确，即预缴增值税时，纳税人应提供已领购并开具的专用发票记账联，主管税务机关根据其提供的专用发票记账联计算应预缴的增值税。不再要求纳税人提供专用发票清单与专用发票记账联复印件。
    预缴增值税余额的处理有新规国税发[2010]40号文件首次对纳税辅导期结束后预缴增值税余额的处理进行了明确，即纳税辅导期结束后，纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税有余额的，主管税务机关应在纳税辅导期结束后的第1个月内，一次性退还纳税人。
    同时，国税发[2010]40号文件对辅导期纳税人实施“先比对、后扣税”管理的具体操作办法，并明确规定，扣税凭证必须在比对相符后才能够抵扣。即主管税务机关定期接收交叉稽核比对结果，通过《稽核结果导出工具》导出发票明细数据及《稽核结果通知书》并告知辅导期纳税人。辅导期纳税人根据交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证本期数据，申报抵扣进项税额，未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证，留待下期抵扣。