会议确定了疫苗供应体系建设的重点项目。一是培育重要急需新产品。尽快完成手足口病疫苗等6种新疫苗的研制及产业化，加快研制和研发一批新的疫苗品种。二是建设关键研发设施，重点支持新型疫苗国家研究中心等能力建设。三是扩增急需产能和实物储备。四是提高疫苗行业装备水平。五是建立疫苗质量检验体系。中央财政对扩大国家免疫规划所需疫苗等给予支持。重点项目安排投资规模约94亿元。

会议强调，疫苗质量安全关系重大，要完善监管体系，严格疫苗生产、流通、预防接种的全过程监管。要加强自主创新，扩大国际合作交流。

会议指出，为进一步解决货物和劳务税制中的重复征税问题，完善税收制度，支持现代服务业发展，会议决定，从2012年1月1日起，在部分地区和行业开展深化增值税制度改革试点，逐步将目前征收营业税的行业改为征收增值税。(一)先在上海市交通运输业和部分现代服务业等开展试点，条件成熟时可选择部分行业在全国范围进行试点。(二)在现行增值税17%标准税率和13%低税率基础上，新增11%和6%两档低税率。(三)试点期间原归属试点地区的营业税收入，改征增值税后收入仍归属试点地区。试点行业原营业税优惠政策可以延续，并根据增值税特点调整。纳入改革试点的纳税人缴纳的增值税可按规定抵扣。

会议审议并原则通过《饲料和饲料添加剂管理条例(修订草案)》。针对饲料和饲料添加剂生产、使用的质量安全责任不够明确、擅自添加禁用物质等违法行为屡有发生的突出问题，草案强化了地方人民政府的监管责任，规定饲料管理部门应当对饲料和饲料添加剂质量安全状况进行监测，并指导养殖者安全、合理使用，生产经营者对其生产经营的饲料和饲料添加剂的质量安全负责。草案规定了生产经营者的质量安全信用制度，管理部门可以公布具有不良记录的生产经营者名单。草案加大了对违法行为的处罚力度，构成犯罪的依法追究刑事责任。