有不征税收入的企业，在内控制度中，对这些问题要有所关注，自己应积极从合理性角度出发，制定相关的内控制度去规范这些问题的处理，及时防范这些税务风险。当税务机关发现企业已经主动注意到这些问题，并从制度上已经进行了相关处理，则会更容易认可企业的做法，避免不必要的税企争议。当然，在实务中，有些税务机关专门就专项用途财政性资金的管理提出的备案管理要求。此时，企业更应积极配合当地税务机关做好相关备案管理。
    第五：由于文件规定：企业将规定条件的财政性资金作不征税收入处理后，在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应计入取得该资金第六年的应税收入总额。所以企业应注意对于跨期资金的管理。对于取得的符合规定条件的财政性资金，企业应按类别和取得时间在会计上进行专项核算。使用电子记账软件的企业，可以考虑对于这部分资金开发一些风险提示功能，即当这部分资金在5年（60个月）后还有余额的，软件自动提示企业要转作应税收入处理。同时，这里还要注意两个问题：第一这里的5年不是指5个纳税年度，而是指取得资金后的连续60个月内；第二，如果企业取得符合不征税收入条件的资金在第六年转作应税收入处理了，则计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。正是因为如此，部分税务机关对于企业取得的这部分资金还提出了专门的清算管理要求。