（1）主体资格和承担责任不同
A、代表处非独立法人，无资格对外经营，只能作为母公司在国内的联络只用，所有法律责任有国外母公司承担首席代表会相对承担较重的责任；
B、外商独资公司为国内独立法人，根据经营范围自主经营，所有法律责任由该公司自身进行承担，经济责任在注册资本的范围内对外承担。
（2）税收计算不同；
A、代表处所得税按代表处本身所发生地所有费用进行征税，费用越多，税收越高。
B、外商独资公司所得税按公司的利润进行计算，在法律规定内的所有费用在税前支出。

（3）人事关系不同
A、代表处相关员工必须通过外服等人才服务机构进行招录，相应支出相关服务费用；
B、外商独资公司，可以自主招录员工，也可以通过外服等人才服务机构进行招录。

（4）办公室的性质不同
A、代表处的办公室必须为涉外办公室，在公安机关做过备案；
B、外商独资公司，办公室无此要求，办公室性质仅需商业用房即可。

（5）注册资金的要求不同
A、代表处没有注册资金的要求；
B、外商独资公司根据不同的要求注册资本不同，一般要求首次到20%，其余的2年内注资即可。