1、法律依据不完全相同

税收的本文来源于注册公司网法律、法规，是摘于上海公司注册网 www.ecmao.net税收征收管理的依据和行动规范。税收征收管理的全部活动，必须以贯彻执行税收法律、法规为出发点和归宿点。目前，我国涉外税收征收管理的法律依据，除了同内资企业共同适用的税收法律、法规以外，还有属于涉外性质的外商投资企业和外国企业所实行的企业所得税法。对涉外企业征收所得税，除了要依据中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法以外，还要依据与各缔约国所签订的税收协定。税收协定与税法具有同等的法律效力，当税收协定的规定与税法的规定不一致时，要优先适用税收协定的规定。这样，对涉外企业征收所得税时，不仅要严格依照税法办事，而且还要遵守税收协定的规定。

2、税收征收管理的对象不同

涉外税收征收管理的对象是外商投资企业(包括中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业)、外国企业，还有受雇的和独立提供劳务的外籍人员以及华侨、港澳台同胞。在外商投资企业中有很多是外向型企业，有些是跨国公司的关联企业，它们的商品交易、资金融通、提供劳务都跨越国界，与国际市场有广泛联系，征税时涉及到国际间的收入与费用的分配，关联企业之间非正常交易价格的调整，国际避税、逃税的防范，收入来源地的确定等一系列复杂问题。

3、对税源控制的难易程度不同

我国是同时实行居民居住地管辖权和所得来源地管辖权的国家，凡是我国的居民(包括法人居民和自然人居民)对其来源于中国境内、外的全部所得都要征税。目前由于我国涉税信息来源渠道单一，对居民境外所得，尚难准确掌握。对外国企业来华承包的建筑、安装、装修、装配等工程作业，由于工程地点分散，有的工程期限较短，税源难于控制。涉外税收征管工作的好坏，直接影响税收作用的发挥。

4、企业会计核算和财务制度不完全相同

税务机关对企业申报应缴税款的审核，要参照会计帐册记录的资料。所以，企业的财会制度，对税务管理有密切关系。国内各种经济性质的企业，都要按照全国统一的《财务通则》和《会计准则》以及各行业统一的会计制度执行。但涉外企业则有所不同。除规定外商投资企业应执行财政部制定的财会制度外，外国企业在我国境内设立的各种机构、场所都可实行各自的财会制度和核算办法。不同国籍的公司企业，所采用的核算办法都不相同。这种情况，给税务人员了解企业财务情况，进行纳税审计，增加不少困难。