货运代理的营业额，如果遇到以下情况可扣除这些费用后的余额作为营业额申报纳税。这些费用包括：

　　(1)专业从事客运代理服务的单位或者企业，向客管处缴纳的公路建设基金、支付给保险公司的旅客保险费以及支付给运营单位的运费、路桥费，就其余额按“服务业-代理业”税目依5%税率征收营业税。

　　(2)货运代理中如有需要为客户代为办理报关手续的，则支付给海关的税金、签证费、滞报费、滞纳金、查验费、打单费、电子报关平台费、仓储费;支付给检验检疫单位的三检费、熏蒸费、消毒费、电子保险平台费;支付给预录入单位的预录费;以及国家税务总局规定的其他费用。

　　可以在扣除以上这些费用后的余额作为营业额，按照“服务业-代理业”5%税率申报纳税。另外还有对纳入国家试点物流企业的，可按取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。

　　作为一个货代企业，只要是代委托方支付的费用，且取得合法有效票据的，都可以扣除，并就实际取得的手续费收入，按“服务业-代理业”税目依5%税率征收营业税;对纳入国家试点物流企业的，可按取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。