据以上规定，问题中由于接受方企业已将增值税专用发票认证，贵公司在不符合作废条件，也没有取得接受服务方主管税务机关出具的《开具红字增值税专用发票通知单》的情况下直接点击作废，就造成了在金税交叉稽核系统中出现比对异常增值税抵扣凭证信息记录。国家税务总局在次月发现后，将通知购货方主管税务机关对该份发票进行协查，查清信息异常的原因。根据《国家税务总局关于增值税专用发票和其他抵扣凭证审核检查有关问题的通知》（国税发[2004]119号）第一条关于造成稽核比对中发现异常的增值税专用发票和其他抵扣凭证的类型问题的规定，错报为作废发票属于技术性错误类型。对此类问题，国家税务总局专门下发了《关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函[2006]969号）明确对增值税专用发票稽核系统发现“比对不符”、“缺联”和“作废”等涉嫌违规的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由税务管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，经税务机关检查确认属于技术性错误造成的，由税务机关技术主管部门核实，区县级税务机关出具书面证明后。允许作为接受方的增值税进项税额的抵扣凭证，准予抵扣。
    因此，当纳税人发生以上问题时，要及时将情况报告给当地主管税务机关，在开票当月以“未开票”形式填入《增值税纳税申报表附列资料（一）》中，将此笔收入在当月申报。同时通知受票方企业不要申报抵扣开票方已经申报作废的增值税专用发票，待由税务机关相关部门按照审核检查的有关规定核实，出具书面证明后，再申报抵扣。一旦税务机关发现购货方在未经核实的情况下自行申报抵扣了税款，将要求其进项税额转出，涉及税款的还将补缴税款、加收滞纳金。
    对于开票方的这一行为，根据新修订的《中华人民共和国发票管理办法》（中华人民共和国国务院令第587号）的规定，纳税人错报为作废发票的行为不属于行政违法行为，税务机关将不进行处罚。
    通过这一案例，也提示营业税改征增值税试点地区的试点一般纳税人，因增值税专用发票具有进项抵扣的特殊功能，对于增值税专用发票的购买、领用、开具、保管及使用都有严格的规定，应予以高度重视，要认真学习《增值税专用发票使用规定》及其相关规定。同时也要注意对相关抵扣凭证的管理，特别是在外购货物和劳务时，要及时向销售方索取符合规定的扣税凭证，并按规定的要求和时限，做好抵扣凭证的保管、认证、抵扣工作。在发生特殊业务需及时与主管税务机关沟通，不要自行处理，以免给自己及他人带来不必要的税务风险和负担。