局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函〔2009〕221号）规定，预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发〔2008〕28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发〔2008〕28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。
    例如，某总分机构企业计算2011年某季度累计实现利润额为200万元，下属三个跨省市设立的二级非法人分支机构，总机构适用25%的税率。税款分配及其年度三项指标如下：分支机构合计经营收入总额为2000万元、工资总额为100万元，资产总额为1500万元。对应三项指标基数分别为，机构一：收入800万元、工资50万元、资产500万元，税率12.5%；机构二：收入600万元、工资20万元、资产400万元，税率25%；机构三：收入600万元、工资30万元、资产600万元，税率24%。
    第一，计算各分支机构分摊比例。机构一分摊比例为0.35×（800÷2000）＋0.35×（50÷100）＋0.30×（500÷1500）=0.415；机构二分摊比例为0.35×（600÷2000）＋0.35×（20÷100）＋0.30×（400÷1500）=0.255；机构三分摊比例为0.35×（600÷2000）＋0.35×（30÷100）＋0.30×（600÷1500）=0.33。
    第二，计算总分机构应预缴税款。合计应纳税所得额200万元，根据国税发〔2008〕28号文件相关规定，总机构100万元，分支机构100万元。因此，各自按照分配所得额计算应纳税额。总机构为（200×50%）×25%= 250000（元）；机构一为（100×0.415）×12.5%=51875（元）；机构二为（100×0.255）×25%=63750（元）；机构三为（100×0.33）×24%=79200（元），合计444825元。
    第三，在计算合计预缴企业所得税444825元基础上，重新按总分机构分配比例划分预缴税款。其中总机构为444825×50%=222412.50（元）；机构一为444825×50%×0.415=92301.20（元）；机构二为444825×50%×0.255=56715.20（元）；机构三为444825×50%×0.33=73396.10（元）。
    汇算清缴税款计算方法
    国税函〔2009〕