221号文件规定，汇算清缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定，不是按预缴的三因素基数计算分配比例。
    例如，某深圳企业2011年度汇算清缴时总机构汇总全部应纳税所得额为100万元，总机构适用24%税率，三个分支机构适用的税率均为25%.2011年企业汇算清缴年度三因素数据为：为计算方便，假如收入总额、工资总额和资产总额均为50万元；分支机构一的三因素均为10万元；分支机构二的三因素均为15万元；分支机构三的三因素均为25万元。由此，计算三个分支机构的分配比例分别为20%、30%和50%。
    汇算清缴时，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额。总机构应纳税所得额：100×50%=50（万元）；分支一应纳税所得额：50×20%=10（万元）；分支二应纳税所得额：50×30%=15（万元）；分支三应纳税所得额：50×50%=25（万元）。
    再分别按各自的适用税率计算出企业的应纳所得税额。总机构应纳税额：50×24%=12（万元）；分支一应纳税额：10×25%=2.5（万元）；分支二应纳税额：15×25%=3.75（万元）；分支三应纳税额：25×25%=6.25（万元）。企业当年度汇算清缴合计应纳所得税额为：12+2.5+3.75+6.25=24.5（万元）。