上海综合保税区集聚保税区、保税港区、综合保税区、保税物流园区和出口加工区五种类型海关特殊监管区域的政策优势，在海关监管、外汇管理、检验检疫等进出口管理上基本达到了国内最为齐全、最为便捷和最为开放的程度。现有的政策优势和监管便利包括：

　　免税缓税

　　货物可以在保税区与境外之间自由出入，免征关税和进口环节税，免验许可证件，免予常规的海关监管手续（国家禁止进出口和特殊规定的货物除外）。区内企业进口自用设备、办公用品、生产用原材料、零部件等免关税、进口环节增值税；进口产品进境备案，内销产品进关完税。

　　对注册在洋山保税港区内的企业从事国际航运、货物运输、仓储、装卸搬运、国际航运保险业务取得的收入，免征营业税。

　　增值税率

　　区内企业进口设备免进口环节增值税，在全国其他地区推行的增值税转型改革不适用保税区。

　　外汇管理

　　不实行外汇核销，企业的外汇收入可全额留存，根据《保税监管区域外汇管理办法》，实行灵活、便利的外汇政策。

　　出口退税

　　在外高桥保税区国内货物装船离岸出口，办理退税；在洋山保税港区、外高桥保税物流园区、浦东机场综合保税区货物入区视同出口，办理退税；从国内其他港口启运经洋山保税港区中转的货物，在离开启运地时即可办理退税。

　　保税加工

　　对境外运入区内的企业加工出口所需的原材料、零部件、元器件、包装物件、转口货物以及区内存储货物实行保税。加工产品内销按照进口原材料、零部件征收关税和进口环节增值税，区内企业不实行加工贸易银行保证金合帐和合同核销制度。

　　集中报关

　　区内企业出区进国内销售货物可集中办理海关申报手续，适用“集中报关”通关模式；陆水、陆空、陆铁联运通关流程优化。

　　快速商检

　　实现检验工作前置，部分进口商品在进境备案环节可实现“预检验”，进一步缩短检验监管时间和流程。

　　存储期限

　　保税货物在区内存储无期限限制。

　　市场准入

　　外商投资企业可以从事生产加工、国际贸易、保税仓储、国内分销、物流、分拨配送、商品展示、商业性简单加工及检测，售后服务等业务。