取代了一部分营业税的同时，还保留了营业税，在以劳务、不动产转让和无形资产转让三个领域仍然实施营业税。营业税的保留，不但造成营业税内的重复征收，而且造成增值税企业无法抵扣营业税的问题，也属于重复征收。经过近二十年的实施，增值税与营业税的优劣清楚地体现出来。实行增值税的行业，摆脱了以前营业税重复征收的压迫，生产力得到一定程度的解放，而仍然实行营业税的行业和产业，则仍然深受重复征收的制约。取消营业税税种，并入增值税的呼声一直高昂。
    虽然营业税并入增值税在很大程度上可以解决重复征税的问题，不过将营业税并入增值税并不一定会降低税负。一般来说，增值税的税率要高于营业税，所以，也很有可能经过合并后，出现这样的局面：一方面重复征税减少了，但另一方面税率却上升了，使原营业税负担者的税负反而增加。这正是一些企业对于营业税转增值税心怀疑虑的原因。所以说 ，营业税改增值税，既终结重复征税同时也真正降低税负，应是改革的关键。
    另外，虽然营业税转型将终结这个税种造成的重复征收，但因为我国实行的生产性增值税本身对于企业购进生产资料的税收不予抵扣，所以我国的增值税仍然是存在重复征收的问题。这就是说，要真正终结中国税收中的重复征收，降低企业税负，使税收更为科学、合理、中性，这次的营业税改增值税只是一个步骤，增值税还得继续转型、继续完善、继续改革。