证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；（六）国家税务总局规定的其他情形。
    需要特别提醒注意的是，符合50号公告要求的增值税扣税凭证逾期，除了发生真实交易外，最重要的是由于客观原因造成的，而非主观原因造成逾期，时间只限于2007年1月1日以后开具的扣税凭证，并非所有的增值税扣税凭证逾期都适用该公告。同时，对增值税扣税凭证逾期申请抵扣，主管税务机关将定期或者不定期对纳税人进行复查，发现纳税人提供虚假信息，存在弄虚作假行为的，将责令纳税人将已抵扣进项税额转出，并按征管法规定进行处罚。因此，增值税一般纳税人的扣税凭证一旦认证或比对通过，就要按照国税函[2009]617号文件的要求在规定限期办理有关认证事宜，并在次月申报期内申报抵扣进项。如果不能及时申报抵扣进项，依然会引发税务风险。