我国中小企业的增值税税率偏高。我国现行增值税制把纳税人分为小规模纳税人和一般纳税人，中小企业基本都属于小规模纳税人范畴。2009年开始小规模纳税人的增值税征收率统一为3%，表面看，比一般纳税人法定税率的17%、13%低很多，但小规模纳税人的进项税额不能抵扣，实际上，其税负要高于一般纳税人。

其次，中小企业的企业所得税率也偏高。新《企业所得税法》实施后，内外资企业税率统一为25%，其中“中小型微利企业”所得税率为20%。但是“中小型微利企业”的门槛相对较高，必须是年度应纳税所得额不超过30万元、从业人数不超过100人、资产总额不超过 3,000万元的工业企业或年度应纳税所得额不超过30万元、从业人数不超过80人、资产总额不超过1,000万元的其他企业。 大部分中小企业都达不到这个标准，应该说25%的所得税率对中小企业来说仍相对偏高。

另外，各种隐性的非税收费更加重了中小企业的负担。

关于减轻税负的问题，温总理9月在大连视察时曾表示，给企业减负是个方向，减负首先减轻税，在减轻税负当中，首先从对中小企业、小微型企业做起。《规划》提出，将认真执行现行中小企业税收优惠政策，进一步加大财税政策对小型微型企业的支持力度。继续清理涉及中小企业的各项收费，规范行政事业性收费和经营服务性收费行为，减轻中小企业负担。

中小企业已是我国国民经济和社会发展的重要力量。“十一五”期间，中小企业新增城镇就业岗位4400万个以上，其中，规模以上中小工业企业从业人员由5636万人增加到7056万人，占规模以上工业从业人员的77.9%。中小企业提供了80%以上的城镇就业岗位，成为农村富余劳动力、国有企业下岗职工再就业和高校毕业生就业的主渠道。中小企业健康持续的发展，将有利于促进就业。