随着改革的不断深化，涌现出一大批民办非企业单位，正因为民办非企业单位形式的特殊性，不少的民办非企业单位目前还没有纳入税务管理，部分纳入管理的，也存在管理不深、管理不透等现象。为此，笔者以民办学校和医疗机构为例，阐述民办非企业单位在税收征管中存在的问题以及对策。 　　一、民办非企业单位税收征管中存在的问题 　　（一）税务登记以及纳税申报方面存在的问题 　　由于涉及民办非企业单位的税收政策较以前发生了较大的变化，学校和医疗机构由以前的不办证、免税转变为依法办证、依法纳税，所以有相当数量的学校和医疗机构一时无法接受和理解，依法纳税意识十分淡薄，以至于在税务管理过程中产生一些不和谐的音符，出现不办证不申报、办了证也不按规定申报纳税等情况，大大增加了税务机关的管理成本。 　　（二）财务监督管理方面存在的问题 　　一是民办非企业单位的财务管理水平普遍不高。首先财务人员配备不规范。部分民办学校没能严格按照国家统一财务会计制度规定配备财务人员，部分财务人员不符合财务规定的要求，有的财务人员是学校的负责人或股东的直系亲属，有的只配备1-2名财务人员；其次是财务核算不规范。部分收入不入“账”，特别是有些隐蔽性较强的收入还没有纳入正规的财务管理，如药品回扣、学生住宿和生活等费用，而是成了少数人的“小金库”；第三是财务管理不规范。不少财务支出中存在着大量的白条，这在某种程度上造成了国家税收的大量流失。 　　二是国家减免的税收使用不规范。 由于私人资本的逐利本性，加上学校和医疗等行业的特殊性，使得这些行业的投资者得到了较为丰厚的回报，对国家减免的税收，有些单位并没有按国家规定的用途用于单位的生产经营、提高服务质量等方面，而是绝大部分流进了投资者个人的腰包。 　　（三）执行税收政策方面存在的问题 　　一是对民办非企业单位的应税所得是按单位征收企业所得税，还是按其投资者个人征收个人所得税，执行标准不一。目前由于部分登记管理机关在办理登记过程中，没有根据申请人承担民事责任的不同方式，在有关证书上标明其是个体、合伙或法人性质，造成税务机关在执行所得税政策上产生了混乱，有的按其应税所得只对投资者征收个人所得税，有的按其应税所得征收企业所得税。二是判定非营利性医疗机构是否执行国家规定的价格困难重重。《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税字[2000]