人员工资扣除方面，两者都规定了合理的工资可以税前扣除的基本规定，但在业主的工资扣除上，个人独资、合伙企业每年只允许在税前扣除不超过42000元的个人生计费用，而公司企业只要其在本企业任职，工资支出符合“合理”性要求，支出没有金额限制。（2）在广告费、业务宣传费税前扣除上，公司企业对化妆品制造、医药制造和饮料制造企业发生的广告费、业务宣传费在不超过销售收入30%的部分允许扣除，超过部分准予在以后年度结转扣除，其他行业的企业发生的与生产经营活动有关的广告费、业务宣传费支出则在不超过当年销售收入15%的部分准予扣除，超过部分准予在以后年度结转扣除。而个人独资、合伙企业则没有行业差别，统一按不超过当年销售收入15%的部分准予扣除，超过部分准予在以后年度结转扣除。（3）在公益性捐赠税前扣除上，企业所得税规定，企业发生的公益性捐赠支出不超过年度利润总额12%的部分准予扣除；个人所得税则按申报的应纳税所得额的30%为限额在税前扣除，特殊的公益性捐赠支出，如向青少年活动场所、公益性老年服务机构、农村义务教育捐赠等，可全额扣除，两者在计算口径、具体标准上都存在较大差异。此外，两者在其他成本费用的扣除方面还存在诸多差异，如对资产的税务处理，两者在固定资产的确认条件、折旧年限等方面就存在明显差异，这里不在一一列举。 　　3、税收优惠存在差异。在税收优惠方面，企业所得税规定比较系统规范，从以产业性优惠为主、区域性优惠为辅的格局设置，到具体的优惠措施，相对成熟。而个人独资、合伙企业的个人所得税则没有形成系统的优惠规范，对国家鼓励的产业优惠、高新技术企业优惠、安置专门人员优惠、鼓励小微企业发展优惠等都无法充分享受，由此也造成两者在纳税上的巨大差异。譬如企业的应纳税所得额同为60000元（假设符合小微企业条件），根据《国务院关于进一步支持小型微型企业健康发展的意见》规定，年应纳税所得额低于6万元（含6万元）的小型微利企业，其所得减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税，企业所得税应纳税额为6000元，而个人所得税则应纳60000×20%-3750=8250元，两者相差近40%.再譬如高新技术企业，法人企业依法享受15%的优惠税率，而个人独资、合伙企业与其他企业一样依法定税率执行，最高法定税率为35%. 　　此外，个人独资、合伙企业与公司制企业在所得税清算时也存在一定差异，如清算所得的计算、剩余财产分配的税收处理等都存在明显不同；在年终