逾期情况说明、第三方证明或说明、逾期增值税扣税凭证电子信息、逾期增值税扣税凭证复印件逐级审核后上报至国家税务总局。
    50号公告同时明确了税务总局权限。国家税务总局将对各地上报的资料进行审核，并对逾期增值税扣税凭证信息进行认证、稽核比对，对资料符合条件、稽核比对结果相符的，通知省税务机关允许纳税人继续抵扣逾期增值税扣税凭证上所注明或计算的税额。
    主管税务机关可定期或者不定期对已抵扣逾期增值税扣税凭证进项税额的纳税人进行复查，发现纳税人提供虚假信息，存在弄虚作假行为的，应责令纳税人将已抵扣进项税额转出，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚。
    执行“50号公告”的四点特别提示
    50号公告下发后，各地税务机关会制定相关的审核措施，广大纳税人10月份开始可以将2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证未抵扣的问题进行清理，按逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法第二项认真准备相关资料，抓住时机，咨询当地税务机关尽快解决遗留问题，在清理准备资料的过程中应注意以下几点：
    1、未抵扣的增值税扣税凭证，是指公告第一项第三款例举的包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票，不包括农产品和废旧物资票。企业在梳理凭证信息时，对于逾期的电子信息需要取得销货方的报税信息，否则在无法确认销货方已经纳税的情形下购货方是不得抵扣进项税金的。
    2、企业应充分运用和掌握公告第二项的6个客观原因，特别是对于企业之间的经营纠纷和办税人员擅自离职的规定，政策初衷是充分考虑了纳税人的权益，这应该是一个比较宽泛的政策，文件的核心只要是真实性业务，基本上能够享受增值税进项税额抵扣政策，企业在准备相关资料时要注意真实性和手续的完备，如办税员擅自离职应有充分的人证。
    3、税务机关这次解决遗留问题的最终权限是国家税务总局，应该是考虑了金税稽核比对系统需要由总局开放，对于稽核比对结果相符的由总局通知省税务机关，各省市税务机关也会制定相关的工作程序。
    4、税务机关对于解决完毕的遗留问题仍保留了事后检查权的权利，主要防止弄虚作假行为，对于企业来说只要是真是业务应该不存在风险。