按照规定，对于增值税一般纳税人，其应税额就是当期的销项税额抵扣当期进项税额后的余额。进项税额的多少，直接关系到最终纳税额的多少。进项税额太少导致应税额过多，最终推高税负，这也是目前上海市在试点过程中，遭遇最多的难题。

　　上海物流企业家协会秘书长陈永军对《财经》记者表示，营改增试点对民营物流企业影响非常大，一方面它们要为上游企业开具增值税专用发票，另一方面它们的进项却缺少可以用来抵扣的发票，如现在很多加油站都没有增值税专用发票，运输司机要开具可进行抵扣的增值税发票就非常困难。

　　两方面作用之下，相关企业税负自然会增加。按照上海市营改增试点方案，交通运输业一般纳税人的增值税适用税率为11%，陈永军认为这一税率也明显过高。他计算后表示，人力成本、路桥费、油费、管理成本等加在一起，最后再添上11%税率的税收，物流企业目前的利润空间最多只能剩下4%，而人工成本和路桥费等还在不断增加。

　　另有上海市一家物流咨询公司的负责人表示，试点过程中承受较大压力的主要是利用自由车辆从事货物运输的企业，由此前缴纳3%税率的营业税变为11%税率的增值税之后，由于可抵扣的油费等项目占公司的支出比例不够大，不要说降低税负，就是将税负维持在试点前的水平都非常困难。

　　经过对众多交通运输企业的调研，上海物流企业家协会认为交通运输业的适用税率应在8%左右为宜。

　　3月15日，中国物流与采购联合会发布的一份调查报告颇引人注目。报告显示，参与试点的上海21家物流企业中， 67%的试点企业所缴纳的今年1月的增值税，比以往缴纳的营业税都有一定程度增加，平均增加税负5万元，个别大型物流企业的税负增加了100万元。调查企业反映，税负增加的主要原因是交通运输服务税率上调幅度较大，而企业可抵扣项目较少。

　　中国物流与采购联合会认为，物流企业特别是运输型物流企业税负有较大增加，有违试点方案中“改革试点行业总体税负不增加或略有下降”的指导思想。

　　中央财经大学税务学院副院长刘桓曾参与上海试点政策的部分设计，他坦承物流行业税负较高，是源于当初方案设计的瑕疵。

　　按照最初的设想，交通运输业试点前的营业税税率为3%，按照税负基本不变的原则，试点后企业的实际税率也不得高于3%，因此若将增值税税率定为11%，进项税率只要保持在8%以上即可。刘桓认为，这样的设计思路存在较大缺陷，因为即使企业的销项税额可以控制，但进项不是人