得税年度申报和汇算清缴时，再依照本条第一款的规定计算加计扣除。这一规定要求企业在实际操作时，不仅要注意加计扣除额计算的基数是实际支付给残疾职工的工资额，而且还要注意允许加计扣除的时点是年度终了进行企业所得税年度申报和汇算清缴时。企业所得税减免税申请办理时限最迟为年度终了后第45日，备案时间为年度纳税申报前，截至时间为5月底前。
    举例来说，A企业是一家金属门窗加工企业，共有残疾职工36人，该企业2010年累计支付残疾职工工资388800元，则该企业不仅可以在进行2010年企业所得税预缴申报时，税前据实计算扣除残疾职工工资额388800元，而且在年度终了进行企业所得税年度申报时，还可税前再按照支付给残疾职工工资的100%计算加计扣除388800元。
    第四、注意享受企业所得税加计扣除优惠时应报送的备案资料
    财税[2009]70号文件第四条规定，企业应在年度终了进行企业所得税年度申报和汇算清缴时，向主管税务机关报送本通知第四条规定的相关资料、已安置残疾职工名单及其《残疾人证》或《残疾军人证（1至8级）》复印件和主管税务机关要求提供的其他资料，办理享受企业所得税加计扣除优惠的备案手续。安置企业在按财税[2009]70号文件的规定申请减免税时，必须如实向辖区主管税务机关提供如下真实的书面资料：
    1、申请减免税报告。其内容包括减免税的依据、范围、起止日期、金额、企业基本情况等；
    2、纳税人的财务会计报表（加盖公章的复印件）；
    3、企业法人营业执照、税务登记证（加盖公章的复印件）；
    4、经民政部门或残疾人联合会认定的纳税人，出具上述部门的书面审核认定意见（加盖公章的复印件）；
    5、残疾人员名册（加盖公章的复印件）；
    6、有效的残疾人员证明和身份证（复印件）
    7、与残疾人员签订的劳动合同或服务协议（加盖公章的复印件）；
    8、为残疾人员缴纳社会保险的缴费证明（加盖公章的复印件）；
    9、企业职工工资表及支付工资凭证（加盖公章的复印件）；
    10、残疾职工工种安排表（加盖公章的复印件）；
    11、《税收优惠事项备案报告表》；
    12、根据具体情况税务机关要求提供的其他材料。
    第五、注意企业对所提供的资料的真实性、合法性承担相应的法律责任
    根据《税收减免管理办法（试行）》（国税发[2005]129号）的规定，纳税人采用欺骗手段进行减免税备案获取减免税的，税务机关应取消其减免税备案资格，停止减免税优惠，同时可以按照《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条、六十四条等有关规定予以处理。