体理由前已论述。不过，这反映了一个普遍现象，很多专业人士不知道如何计算虚开增值税发票给国家造成的损失，导致侦查机关不能抓住侦查的重点，审判机关无法对被告人准确量刑。在案例二与案例三中，侦查机关没有对被告人姚某、余某虚开销项增值税发票及受票人的抵扣情况进行调查，故一审判决对案例二与案例三认定的事实不清，量刑不准。从案例二来讲，被告人姚某亦供称其虚开了932份销项发票，应该说，侦查机关是有线索去查清的。在没有查清被告人虚开增值税销项发票及受票人抵扣税款的情况下，一审法院判决被告人姚某、余某死刑是十分错误的。针对案例二与案例三，二审法院经审理后予以发回原审法院重新审判。
(二) 给小规模纳税人如实代开增值税发票，是否构成虚开增值税发票罪及如何计算虚开数额的问题?
如具备增值税一般纳税人资格的公司经理李某，为不具备增值税一般纳税人资格的小规模纳税人张某在交易时如实开具增值税发票的行为，能否认定为虚开增值税发票的行为?对此，有两种不同意见。一种意见认为，李某为他人开具增值税发票，因他人有实际交易，他只是代为开具，不是虚开增值税发票的行为；另一种意见认为，小规模纳税人不具备增值税一般纳税人资格，小规模纳税人适用的税率为6%，而不是17%，李某为他人代开增值税发票，使他人能适用税率17%，就是虚开增值税发票的行为，因为购货人以李某开具的增值税发票抵扣税款，无疑从国家那里赚取了11%的税款。笔者同意第二种意见，认为李某在不应给他人开具增值税发票的情况下为他人开具增值税发票，使他人能从国家那里抵扣11%的税款，这种行为本质上符合虚开增值税发票行为的实质，与此相适应，李某虚开的税款数额就是11%。