于印发<房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答>的通知》（青地税函[2009]47号）规定：股东将持有的企业股权转让，企业土地、房屋权属不发生转移，不征收土地增值税。
    关于合作建房的征免税问题
    财税字[1995]48号第二条规定：对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值税。
    “合作建房” 是开发商在土地实施“招、拍、挂”之前拿地的重要途径之一，利用该种方式开发的房地产项目现在基本达到《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）文件所规定的清算条件，是税务机关在清算审核中经常会遇见的情况，但是由于土地增值税暂行条例及实施细则和相关配套文件不够细化，在清算实务中，对于“合作建房”的判定仍存在一定问题，在这里对于“合作建房”可能出现的情况及相关土地增值税清算问题分析如下。
    案例4
    天籁房地产公司与乙公司签订合作建房协议，共同开发A房地产项目，天籁房地产公司负责投入资金及全部开发活动，乙公司将所有的一块土地使用权投入该项目，建成后乙公司分得30%的房产（包括住宅及商铺），天籁房地产公司分得其余房产，后经协商乙公司将分得房产的住宅部分以2000元/平米出售给天籁房地产公司，共分得价款1200万元，其余4000平方米商铺自用，并开具转让土地使用权的发票给天籁房地产公司。A项目完成销售后进行清算。
    天籁房地产公司将分给乙公司的1200万元作为“土地征用及拆迁补偿费”计入开发成本予以扣除，而将分给乙公司的房产未计入销售收入，对该房产对应的成本也未扣除。税务人员认为该项目由双方合作建设，允许扣除的只是双方对外的成本，该笔钱应是合作建房取得的利润分配，应视同内部往来，不允许其扣除。
    分析
    以上两种理解都不正确，应根据乙公司所获得对价的差异，分不同情况进行分析：
    一、若乙公司只取得房屋自用，根据财税字[1995]48号文规定：“对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征土地增值税，建成后转让的，应征收土地增值税。”因此，对乙公司是暂免征收土地增值税，以后该公司将分得的房产转让，应首先按转让土地使用权计算合作建房需缴纳的土地增值税，以分得房产当时的公允价值作为转让土地使用权的收入，再对转让的房产按转让旧房及建筑物征收土地增值税